Nếu doanh nghiệp nhận được thông báo của cơ quan thuế là doanh nghiệp có nhận được hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn thì trước hết, doanh nghiệp phải xác định:

- Nếu hóa đơn phát sinh trước ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn: Cục Thuế phải kiểm tra xem xét, đối chiếu với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp để xác định có hàng hóa thực tế mua hay mua bán hóa đơn khống để xử lý vi phạm và yêu cầu doanh nghiệp chứng minh và chịu trách nhiệm trước pháp luật việc mua bán là có thật: có hợp đồng mua bán, văn bản chứng từ thanh lý hợp đồng (nếu có), phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán tiền; hàng hóa, dịch vụ mua vào của doanh nghiệp bỏ trốn được sử dụng để phục vụ hoạt động kinh doanh đã bán ra và đã kê khai thuế, có hạch toán kế toán đầy đủ, đúng quy định thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). (Theo công văn 7333/BTC-TCT ngày 24/06/2008)  

- Nếu hóa đơn phát sinh sau ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn: doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

* Hướng xử lý đối với giao dịch thật

Nếu doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định thì doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật, đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định. Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phải thực hiện xác minh, đối chiếu với doanh nghiệp có quan hệ mua bán về một số nội dung sau:

+ Kiểm tra, xác minh về hàng hóa: Hợp đồng mua bán hàng hóa (nếu có); hình thức giao nhận hàng hóa; địa điểm giao nhận hàng hóa; phương tiện vận chuyển hàng hóa; chi phí vận chuyển hàng hóa; chủ sở hữu hàng hóa và nguồn gốc hàng hóa (trước thời điểm giao nhận hàng hóa)

+ Kiểm tra xác minh về thanh toán: Ngân hàng giao dịch; đối tượng nộp tiền vào tài khoản để giao dịch; số lần thực hiện giao dịch; hình thức thanh toán; chứng từ thanh toán.

+ Kiểm tra xác minh về xuất khẩu hàng hóa: Tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất của Cơ quan hải quan; chứng từ thanh toán qua ngân hàng; Vận đơn (nếu có).

Qua thanh tra, kiểm tra nếu xác minh được việc mua bán hàng hóa là có thực và đúng với quy định của pháp luật thì giải quyết cho doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế GTGT; đồng thời yêu cầu doanh nghiệp cam kết nếu trong các hồ sơ, tài liệu doanh nghiệp xuất trình cho cơ quan Thuế sau này phát hiện có sai phạm, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.

Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự.

Nếu việc tạm dừng khấu trừ thuế dẫn đến tăng số thuế GTGT phải nộp thì Cơ quan thuế có trách nhiệm tổng hợp, theo dõi các trường hợp này, chưa yêu cầu nộp và chưa tính phạt nộp chậm chờ kết luận chính thức của Cơ quan có thẩm quyền.

=> Như vậy, nếu doanh nghiệp khẳng định doanh nghiệp có hoạt động mua bán thật thì doanh nghiệp được phép giữ hóa đơn đó để kê khai khấu trừ thuế GTGT và tính vào chi phí tính thuế TNDN 

Kính gửi: Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

Bộ Tài chính nhận được công văn của một số Cục Thuế địa phương đề nghị hướng dẫn xử lý cơ sở kinh doanh sử dụng hóa đơn bất hợp pháp. Về việc này, Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:

1)Các quy định về chính sách thuế liên quan đến sử dụng, quản lý hóa đơn và hóa đơn bất hợp pháp hiện hành.

1. Quy định về hóa đơn

Điểm 2, điểm 3.1 Phần C Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30/12/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 7/11/2002 của Chính phủ quy định về việc in, phát hành, quản lý, sử dụng hóa đơn quy định:

Điểm 2: “Tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm quy định tại Điều 12, 13, 14, 15, 16 của Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 07/11/2002 của chính phủ ngoài việc bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại các Điều trên nếu làm thất thoát tiền thuế của Ngân sách Nhà nước thì:

1. Bị truy thu đủ số thuế trốn.
2. Bị xử phạt về thuế theo quy định tại các Luật thuế. Trường hợp vi phạm nghiêm trọng thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật”.

Điểm 3.1: “… Đối với tổ chức, cá nhân đã mua hóa đơn nhưng sử dụng bất hợp pháp (bỏ trốn) thì hóa đơn đó không được chấp nhận kê khai để tính khấu trừ thuế GTGT hoặc hoàn thuế GTGT và không được tính vào chi phí hợp lý”

1. Quy định về thuế giá trị gia tăng

Điểm 1.3 Mục III Phần B Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính; điểm 1.3 Mục III Phần B Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng quy định: “Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp: hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được đúng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT); không ghi hoặc ghi không đúng tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán; hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giá, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa hơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo); hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.”

1. Quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp

Điểm 4 Mục IV Phần B Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003, điểm 1.1 Mục III Phần B Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp quy định: “Cơ sở kinh doanh không được tính vào chi phí các khoản chi không có đầy đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định hoặc hóa đơn, chứng từ không hợp pháp.

Điểm 7 Phần Đ, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính quy định: “Cơ quan thuế được quyền ấn định thu nhập chịu thuế để tính thuế thu nhập doanh nghiệp đối với cơ sở kinh doanh trong các trường hợp sau:

• Không thực hiện hoặc thực hiện không đúng chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ.
• Không kê khai hoặc kê khai không đúng căn cứ để tính thuế hoặc không chứng minh

được các căn cứ đã ghi trong tờ khai thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế..”

1. Quy định ấn định theo yếu tố:

Điểm 2.1 Mục XII Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế quy định.

“Người nộp thuế theo phương pháp kê khai ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác

định số thuế phải nộp trong các trường hợp sau:

1. Trường hợp kiểm tra thuế, thanh tra thuế có căn cứ chứng minh người nộp thuế hạch toán kế toán không đúng quy định, số liệu trên sổ kế toán không đầy đủ, không chính xác, trung thực dẫn đến không xác định đúng các yếu tố làm căn cứ tính số thuế phải nộp trừ trường hợp bị ấn định số thuế phải nộp”.
2. Quy định về kế toán:

Tại Chuẩn mực kế toán số 01-Chuẩn mực chung Ban hành và công bố theo Quyết định số 165/2002/QĐ-BTC ngày 31/12/2002 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định nguyên tắc phù hợp của kế toán cơ bản” Việc ghi nhận doanh thu và chi phí phải phù hợp với nhau. Khi ghi nhận một khoản doanh thu thì phải ghi nhận một khoản chi phí tương ứng có liên quan đến việc tạo ra doanh thu đó. Chi phí tương tứng với doanh thu gồm chi phí của kỳ tạo ra doanh thu và chi phí của các kỳ trước hoặc chi phí phải trả nhưng liên quan đến doanh thu của kỳ đó.”

1. Quy định về hóa đơn bất hợp pháp.

Điểm 4.4 Mục IV Phần B Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng. Mục V Phần B Thông tư số 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 hướng dẫn thực hiện vi phạm pháp luật về thuế quy định 7 trường hợp hóa đơn, chứng từ mua, bán, sử dụng được coi là không hợp pháp.

2. Căn cứ các quy định trên và tình hình thực tế, cơ quan thuế xử lý đối với từng trường hợp vi phạm cụ thể như sau:
   1. Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan công an, cơ quan chức năng khác trong quá trình kiểm tra, xác minh, điều tra đã có kết luận hóa đơn do cơ sở kinh doanh sử dụng là bất hợp pháp thì:
      1. Cơ sở kinh doanh không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào, trường hợp đã khấu trừ (hoặc đã được hoàn) thì cơ quan thuế xử lý truy thu, truy hoàn số thuế GTGT đã khấu trừ (đã hoàn).
      2. Cơ sở kinh doanh không được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào theo hóa đơn bất hợp pháp.
      3. Trường hợp cơ quan thuế kiểm tra và yêu cầu cơ sở kinh doanh chứng minh: cơ sở kinh doanh có mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh; có hợp đồng mua bán, văn bản thanh lý hợp đồng (nếu có); có phiếu xuất, nhập kho, chứng từ thanh toán tiền và hạch toán kế toán theo đúng quy định; cơ sở kinh doanh có cam kết việc mua hàng hóa, dịch vụ là có thật, hàng hóa, dịch vụ mua vào đã được bán ra có kê khai, nộp thuế, hạch toán kế toán đầy đủ và cơ sở kinh doanh chịu trách nhiệm trước pháp luật thì cơ quan thuế thực hiện ấn định chi phí mua hàng, chi phí mua dịch vụ được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN theo quy định điểm 7 Phần Đ Thông tư số 128/2003/TT- BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính đối với những trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để hạch toán vào chi phí trước ngày 1/7/2007; hoặc ấn định theo yếu tố chi phí mua hàng hóa, dịch vụ theo quy định tại Điểm 2.1. Mục XII Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính nêu trên đối với những trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để hạch toán vào chi phí từ ngày 1/7/2007.

Khi xử lý ấn định chi phí, cơ quan thuế có thể tham khảo giá hàng hóa, dịch vụ do cơ quan quản lý nhà nước công bố cùng thời điểm, hoặc giá mua, giá bán của các doanh nghiệp kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng hoặc giá bán của doanh nghiệp kinh doanh cùng mặt hàng xác định chi phí mua hàng, chi phí mua dịch vụ được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Trường hợp cơ sở kinh doanh sử dụng hóa đơn bất hợp pháp đã bị cơ quan thuế xử lý không cho tính giá trị hàng hóa, dịch vụ vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN và cơ sở kinh doanh không có khiếu nại hoặc có khiếu nại nhưng đã hết thời hiệu thì không xử lý hồi tố theo quy định ấn định chi phí nêu tại mục này.

1. Trường hợp cơ sở kinh doanh sử dụng hóa đơn bất hợp pháp dẫn đến thiếu thuế, gian lận thuế, trốn thuế thì cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, cụ thể:
   • Trường hợp việc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp dẫn đến thiếu thuế, gian lận thuế, trốn thuế nhưng chưa đủ căn cứ để yêu cầu cơ quan điều tra để xử lý hình sự thì đối với những trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp trước ngày 1/7/2007 cơ quan thuế thực hiện xử phạt theo quy định tại Chương II Nghị định số 100/2004/NĐ-CP ngày 25/2/2004 của chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; đối với trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp từ ngày 1/7/2007 cơ quan thuế thực hiện xử phạt theo quy định tại Mục III, Mục IV Phần B Thông tư số 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính.
   • Trường hợp việc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp dẫn đến trốn thuế, gian lận thuế và có đủ căn cứ để xử lý hình sự thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ của cơ sở kinh doanh vi phạm cho cơ quan công an để thực hiện xử lý hình sự theo quy định.
2. Trường hợp việc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp nhưng không dẫn đến thiếu thuế, gian lận thuế, trốn thuế thì cơ sở kinh doanh bị phạt đối với hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp theo quy định tại khoản 4 Điều 14 hoặc khoản 3 Điều 15 Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 7/11/2002 của chính phủ quy định về việc in, phát hành, quản lý, sử dụng hóa đơn.
3. Trường hợp cơ sở kinh doanh sử dụng hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ của cơ sở kinh doanh bỏ trốn để kê khai khấu trừ thuế GTGT, tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN mà thời điểm mua hàng hóa, dịch vụ phát sinh trước ngày xác định cơ sở kinh doanh bỏ trốn theo thông báo của cơ quan thuế và cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng khác chưa đủ căn cứ để kết luận đó là hóa đơn bất hợp pháp thì cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra xác định đúng có hàng hóa, dịch vụ mua vào và yêu cầu cơ sở kinh doanh chứng minh và chịu trách nhiệm trước pháp luật việc mua bán là có thật, có hợp đồng mua bán, văn bản chứng từ thanh lý hợp đồng (nếu có), phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán tiền; hàng hóa, dịch vụ mua vào của cơ sở bỏ trốn được sử dụng để phục vụ hoạt động kinh doanh đã bán ra và đã kê khai thuế, có hạch toán kế toán đầy đủ, đúng quy định thì cơ sở kinh doanh được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Khi cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng khác trong quá trình kiểm tra, xác minh, điều tra kết luận hóa đơn do cơ sở kinh doanh sử dụng là hóa đơn bất hợp pháp thì cơ sở kinh doanh bị xử lý như điểm 2.1 nêu trên.

3. Trường hợp qua kiểm tra, cơ quan thuế có căn cứ kết luận cơ sở kinh doanh có hành vi xuất hóa đơn khống (hóa đơn không kèm hàng hóa bán ra) và sử dụng hóa đơn bất hợp pháp cũng không kèm theo hàng hóa mua vào để hợp thức tính vào chi phí (hóa đơn mua vào, hóa đơn bán ra đều là hóa đơn xuất khống không kèm theo hàng hóa) thì cơ quan thuế thực hiện loại trừ doanh thu loại trừ chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đồng thời xử phạt theo quy định tại Điều 14, 15, 16 Chương III Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 7/11/2002 của Chính phủ quy định về việc in, phát hành, quản lý, sử dụng hóa đơn và có văn bản gửi đến cơ quan thuế quản lý cơ sở kinh doanh xuất hóa đơn khống và cơ sở kinh doanh sử dụng hóa đơn khống của cơ sở bị xử phạt để thông báo hành vi xuất hóa đơn khống, sử dụng hóa đơn khống.

Bộ Tài chính hướng dẫn để cơ quan thuế các địa phương được biết. Trong quá trình triển khai thực hiện nếu còn có vướng mắc đề nghị báo cáo kịp thời để Bộ Tài chính nghiên cứu giải quyết./.